Hakodate (函館市) est la seconde ville (297 038 habitants) de l'île d'Hokkaidō (Japon), derrière Sapporo.
Historiquement, Hakodate est l'une des deux escales marchandes concédés aux États-Unis en 1854 à l'amiral Matthew Perry. La ville fut alors un important port d'escale pour les navires américains. C'est autour de ce port que la ville s'est développée. Elle a servi aux Japonais, durant la période Meiji comme base pour coloniser l'île d'Hokkaidō qui était à l'époque quasiment déserte. À la fin du shogunat, une guerre entre les forces de la révolution Meiji et les forces du dernier shogun Tokugawa (dont faisait partie le capitaine Jules Brunet) a eu lieu dans la ville (voir Goryōkaku et République indépendante d'Ezo). Hakodate est encore aujourd'hui un lieu stratégique. La ville fait face au détroit de Tsugaru et est devenu un passage majeur entre les îles d'Honshū et Hokkaidō. On peut obtenir une très belle vue de la ville depuis le mont Hakodate situé juste à côté.
Hakodate est jumelée avec :