BLAST

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BLAST
Développeur	Altschul S.F., Gish W., Miller E.W., Lipman D.J., NCBI
Dernière version	2.2.14
Environnement	UNIX, Linux, Mac, MS-Windows
Type	Outil bioinformatique
Licence	Public Domain
Site web	Serveur FTP de NCBI

En bio-informatique, BLAST, acronyme de basic local alignment search tool est un algorithme qui permet de trouver les régions similaires entre deux ou plusieurs séquences de nucléotides ou d'acides aminés. Ce programme permet de calculer significativement les pourcentages de similitude (parfois abusivement qualifiés de "pourcentages d'homologie") entre les séquences en les comparant avec des banques de données. BLAST est utilisé pour trouver des relations fonctionnelles ou évolutives entre les séquences et peut aider à identifier les membres d'une même famille de gènes.

Ce programme a été développé par Stephen Altschul, Warren Gish et David Lipman au National Center for Biotechnology Information (NCBI). Ce programme est disponible, entre autres, sur le site du NCBI. La publication originale "Altschul, SF, W Gish, W Miller, EW Myers, and DJ Lipman. Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215(3):403-10, 1990." a été l'une des plus citées (plus de 20 000 fois: source ISI Web of Knowledge) dans le monde scientifique.

[] Voir aussi

• Séquence biologique